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L’isola di S. Andrea si trova su una superficie calcarea di forma appiettita ad una altezza media di circa 2m sul livello del mare. Le sue coste rocciose rappresentano “habitat prioritari” sotto forma di steppe salate di salicornia e di Statice japigica (Limonium japigicum) un raro endemismo.

Di grande rilevanza internazionale è la presenza – unica lungo tutto il versante Adriatico e Ionico d’Italia – di una colonia nidificante del gabbiano corso (Larus audonii), specie endemica del bacino del Mediterraneo.

Il litorale di punta Pizzo comprende ambienti peculiari, che si armonizzano in un interessante mosaico ambientale composto da: macchia mediterranea, pseudo-steppe mediterranee, ambienti umidi e acquitrinosi.

Questa estrema varietà di sistemi di ambienti si traduce nella presenza di diverse specie vegetali che vanno da quelle della macchia mediterranea alta e bassa (corbezzolo, alaterno, erica arborea – ginestra spinosa, mirto, lentisco dafne, asparago spinoso) a quelle della gariga (rosmarino, timo, lentisco, erica arborea, ginestra spinosa) alla consistente vegetazione erbacea locale (orchidee, tra cui la rarissima orchidea italica, calendule, cardo santo, pratoline ecc.).

Si segnala la presenza di due specie leguminose arbustive molto rare: Anthillis hermanniaie, di cui Punta Pizzo rappresenta l’unica stazione della penisola salentina e Anagyris foetida.